1944年10月，穆罕默德·伊敏、艾沙等人以新疆旅渝同乡会之名义，在报上发表“新疆同乡会对宪法草案之意见”，公开提出要将新疆民族定为“突厥族”，要将新疆改名为“突厥斯坦”，当时引起舆论界的一致谴责。其中黎东方教授列举了无可辩驳的史实，论证了新疆同胞不应称为突厥民族，新疆省不应称为突厥斯坦。但是穆罕默德·伊敏一伙仍然喋喋不休进行所谓论战，充分暴露了他们的泛伊斯兰主义、泛突厥主义的丑恶面目。
麦斯武德等人返回新疆后的那一时期，泛伊斯兰主义、泛突厥主义在新疆泛滥。由于他们均有职有权，因此可以公开地有计划有组织地进行活动。
1946年6月24日，他们成立“阿尔泰出版社”．，从名称上看这似乎是一个出版机构，实质上却是一个泛突厥主义组织。成立时有一千余人填写履历表加入该组织，麦斯武德任主任委员，艾沙任社长，穆罕默德·伊敏任总编辑，在区县各地还有分支机构。
该组织以出版刊物、书籍、组织学术活动为名，实际上是在大肆传播泛伊斯兰主义、泛突厥主义。如1946年年底出版的《自由报》，至1949年4月共出版了270期，在每期的报头都写着“我们的民族是突厥，我们的宗教是伊斯兰教，我们的故乡是突厥斯坦”。在定期举办的学术座谈会上，都在宣讲他们编造的所谓“历史”，穆罕默德·伊敏就曾在新疆学院(新疆大学的前身)大讲“东突厥斯坦一万年来就是维吾尔人的故乡，在东突厥斯坦只有维吾尔人是主居民族，有做主人的权力，其他都是客居民族，没有做主人的权力”。对此，包尔汉曾到新疆学院予以有力批驳。他指出“新疆两千多年来就是中国的一个组成部分，新疆不是一个民族的新疆，而是各民族的新疆，正如中国不是一个民族的中国，而是各个民族的中国一样。如果说新疆只有维吾尔族一个民族的话，在新疆范围来说就是犯了大民族主义的错误，在全国范围来说就是犯了狭隘民族主义的错误。”穆罕默德·伊敏得知后，辱骂包尔汉是“民族的叛徒”。在维吾尔文的书写中，新疆一词被他们偷偷摸摸改为“中国突厥斯坦”，操突厥语、信仰伊斯兰教的民族，均被写成“突厥民族”，甚至将国民党政府中央银行发行的“新疆专用”法币也偷偷改为“中国突厥斯坦”法币，由于发现及时，当天即被收回并全部销毁。
麦斯武德等人在鼓吹“突厥民族”、“突厥斯坦”的同时，另一方面大肆反汉排汉，散布反汉言论，煽动反汉情绪。在南疆禁止用汉文书写会标，有些县的学校禁止使用汉文。他们的反汉言行，使已经离开新疆的张治中也无法忍受，他写信质问麦斯武德、艾沙：“这些言论是不是有着反汉的意识?对于各地的指示有没有反汉的意思?”指出“反汉的意识乃至秘密行动如果继续发展下去的话，对于新疆的前途是很危险的，需要加以慎重的考虑和注意”。
1949年8月，艾沙、穆罕默德·伊敏等人公开与马步芳和新疆的国民党顽固派相勾结，企图破坏新疆和平解放。9月，当新疆各族人民满怀激情迎接新疆和平解放，中国人民解放军向新疆进军的号角已经奏响之时，穆罕默德。伊敏、艾沙等人伙同国民党顽固派一起从南疆逃亡国外，继续从事分裂活动，麦斯武德被逮捕入狱。
泛伊斯兰主义、泛突厥主义是新疆民族分裂主义产生的历史根源，是危害新疆社会稳定的罪魁祸首。
二、新中国成立至“文化大革命时期新疆的反分裂斗争
1．20世纪50年代新疆的反革命暴乱
新中国成立初期，新旧政权更替，矛盾交织，斗争复杂，分裂分子与国民党顽固派残余势力、外国反华势力等搅和在一起，其破坏形式主要有与新生政权对抗、发动武装叛乱等。国民党顽固派残余势力的叛乱，目的是要复辟旧政权，妄图东山再起，而分裂分子却是要分裂新疆，要把新疆从祖国大家庭中分裂出去，叫嚣“独立”。
与国民党顽固派和国外反华势力纠合在一起的典型案例有乌斯满、尧乐博斯、贾尼木汗等在哈密、镇西、伊吾等地胁迫两万余名哈萨克族牧民暴乱；乌拉孜拜、司的克等胁迫万余名哈萨克族牧民暴乱。乌斯满叛乱，得到美国及国民党势力的支持。美国驻迪化领事曾派克斯顿和副领事马克南在新疆解放前夕，直接与乌斯满等接触，鼓动其对抗新疆和平解放，许诺供给其武器装备。
从1950年3—12月，乌斯满等在昌吉、呼图壁、玛纳斯、阜康、奇台、吉木萨尔、木垒、哈密、巴里坤、伊吾、乌鲁木齐南山等地发动叛乱；乌拉孜拜、司的克等在绥来(今玛纳斯)、景化(今呼图壁)胁迫万余名哈萨克族牧民暴乱。1951年2月，乌斯满被人民解放军捕获；9月，贾尼木汗、乌拉孜拜、司的克等先后落网。乌斯满等匪首被惩处，叛乱被平息，其残余势力的分裂叛乱活动却一直延续至1958年。这股势力被清除以后，北疆地区的社会才得以稳定。
20世纪50年代，以分裂新疆为目的，叫嚣“独立”而发动的暴乱，在南北疆都发生过。1950年7月24日一8月16日，热合曼诺夫在伊犁叛乱；1950年8月18日和12月26日，沙里红和伊德利斯·努尔派依斯在昭苏叛乱。其叛乱头目，均为隐藏在部队中的分裂分子。热合曼诺夫，整编后任驻宁城防营排长．沙里红时任昭苏驻军副排长，伊德利斯．努尔派依斯(俄籍哈萨克族)，俄国十月革命时窜人新疆，混入三区革命队伍。
热合曼诺夫鼓吹“维吾尔人应在星月旗下团结起来”，鼓吹泛伊斯兰主义、泛突厥主义．其活动得到泛突厥主义组织“大突厥主义伊斯兰党”的支持。他在伊犁发展了8个小组，发动叛乱时人数已达一千五百多人。沙里红等与热合曼诺夫密切联系，他们宣称‘‘在美国援助下，建立伊斯兰政府”，暴乱时纠集了二百余人，号称“伊斯兰政府忠义军”。人民武装及时平息了叛乱，叛乱头目及其分裂骨干分子受到法律制裁，部队中的隐患被清除。20世纪50年代，分裂活动在南疆较猖獗，比较典型的案例有：1954年和田暴乱；1956年墨玉、洛浦、英吉沙等县暴乱；1957年和田暴乱。上述叛乱都打着宗教旗号，地点均在南疆。
(1)1954年12月31日，以阿不都·依米提大毛拉为首在和田发动暴乱。
解放初期，南疆莎车荒地教经堂头目，依禅教主阿尤甫·哈日披着宗教外衣从事分裂活动，培养了许多弟子。穆罕默德·伊敏、艾沙逃亡前曾与之密谋，他们不甘心失败，妄图通过暴力，建立所谓“东突厥斯坦伊斯兰共和国”。
1950年春季，阿尤甫·哈日等即策划在南疆发动叛乱，但被当时的镇压反革命运动所震慑，其阴谋暴动被迫推迟。1952年5月阿尤甫·哈日亡故，其弟子阿不都·依米提大毛拉等继承了他的分裂事业。
阿不都·依米提策划了1954年的和田暴乱，他为暴乱作了一系列准备，以其依禅教主身份在和田地区大肆招揽信徒，培植骨干，建立暴动组织，所谓“伊斯兰政府联盟委员会”就是他实施暴动的核心组织。其暴动计划、目的以及人士安排，都是在这个组织的会议上发布的。其暴动计划不仅要占领和田地区，还要占领莎车、喀什等地，之后要成立“伊斯兰政府”，已策划由11个厅组成，其人选都已确定。暴乱时间原定在1955年元旦，因计划泄露，所以提前至1954年12月31日。当晚，被阿不都·依米提煽动起来的三百余名信徒，手持凶器，疯狂袭击墨玉县劳改农场，农场执勤人员9名(有指导员、班长和7名战士)被残杀，武器被抢劫，汽车被烧毁，牢门被打开。
暴乱持续了两天，平息后，政府对受蒙蔽的群众进行说服教育，规劝其遵纪守法；对顽抗不化的分裂分子，坚决实施镇压，有2名被击毙，42名被抓捕。首犯阿不都·依米提漏网潜逃。
(2)20世纪50年代中期，南疆和田、喀什地区的分裂主义势力一直在和人民政权进行较量。和田地区的墨玉、洛浦、和田三县，喀什地区的英吉沙均发生过以分裂新疆为目的的暴乱。