20世纪80年代中期，私办经文学校呈现大张旗鼓之势，一个阿訇即可教数百名学徒，对办学的有关规定及其手续全然不顾。有关部门曾依法过问，而教员却诱导学生闹事。宗教管理部门制定条规，对经文学校予以规范管理，但效果不佳，不得不进行清理整顿。1989年，全疆私办经文学校共有938所，学员已超过万人。问题是，这些私办的经文学校并非以传授知识为主，分裂分子往往将其作为培养信徒的阵地。
南疆叶城是私办经文学校的重灾区。这一时期，千余名青少年从此类学校毕业。20世纪80年代后期，该县有私办经文学校33所，在读生七百多名，主办此类教育的是阿·买合苏木，他是新疆维吾尔自治区伊斯兰教协会常委、叶城县伊斯兰教协会主席，但却热衷于传播分裂毒素，鼓吹“为新疆独立而斗争”。他对信徒们说：“以经文学校培养力量，实现东突厥斯坦独立。”由他主讲的课程，贯串着歪曲新疆历史，鼓吹“圣战”、分裂等内容，使青少年深受其害。不仅如此，他还实施爆炸、暗杀、抢劫、投毒、制造武器等所谓军训，结果训练出大批暴力恐怖分子，新疆发生的恐怖暴力案件，多数都是这些亡命徒所为。至20世纪90年代初，阿·买合苏木培养的学员已有数百人从事爆炸、暗杀等暴力活动。私办经文学校是20世纪80年代宗教狂热的重要源头，是暴力恐怖活动的基地之一。
(2)境外分裂势力利用国内改革开放的宽松环境兴风作浪。穆罕默德·伊敏、艾沙等在国外长期从事分裂活动，营造了若干个窝点，虽然他们已年迈体衰直至病故，但其窝点仍在。改革开放后，人员交往频繁，境外分裂势力则乘机出动，千方百计向境内渗透，传播其分裂毒素，其手段仍然是紧紧抓住宗教与民族这两大要素。宗教仍然传播泛伊斯兰主义，只是更加极端；民族仍然是泛突厥主义，煽动民族情绪，叫喊独立，分裂国家。这些都给新疆的稳定造成严重危害。
(3)“东突”分裂势力活动频繁，甚嚣尘上。“东突”分裂势力在新疆根深蒂固，尽管每次分裂暴乱都以失败告终，但东突分裂势力无论在思想上或组织上都未能得到彻底清理，所以，一有机会，这股势力不仅露头，而且制造麻烦不断。20世纪80年代，改革开放不断向前推进，东突势力也在恶性膨胀，无论在思想上或是组织上，都比以往越走越远，分裂暴乱事件数量不断上升。
20世纪90年代，是新疆分裂主义分子犯罪活动的高发期，分裂势力在国内外的活动极为活跃，冠以各种名称的分裂组织纷纷出笼，分裂破坏活动频率加快，形式多样，手段残忍，恐怖色彩浓厚。其原因主要是：新疆分裂分子与国际恐怖组织合流，东突势力与塔利班、本·拉登、车臣等国际恐怖组织已经连成一气，别有用心的西方势力藏污纳垢，支持纵容。苏联解体、中亚五国独立，形势剧烈变化，境外分裂势力活动更趋嚣张。分裂组织出笼了六十多个，分布在西亚、中亚、南亚、欧美，乃至俄罗斯、埃及等地。
西亚以土耳其为据点，旁及沙特阿拉伯等西亚国家。早在20世纪中叶，穆罕默德·伊敏、艾沙等在那里集结，以侨民、难民为旗号，成立了所谓“侨民协会”、“难民福利互助会”等，之后，东突分裂组织就不断出笼。至20世纪90年代，出笼了“东突厥斯坦青年民主联盟”，还印发了报纸。老的故去，新的接替，又相继出笼了“东突民族解放联盟”、“民族统一联盟”、“文化协会”、“民族中心”、“民族党”、“基金会”等数十个打着东突旗号的分裂组织。
在中亚的“东突”分裂组织主要分布在哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦。此类分裂组织20世纪60年代开始出笼，20世纪90年代恶性膨胀，号称：国际委员会、解放组织、跨国联盟、民族革命阵线等，前面冠以“东突厥斯坦，‘、“维吾尔斯坦”帽子之类的分裂组织即有二十多个。上海合作机制建立后，其活动受到了遏制。
20世纪90年代“东突”分裂组织在南亚地区也有显现，出笼了“东突伊斯兰党”或“伊斯兰真主党”、“青年党”、“突厥党”等。
一些西方势力，庇护纵容恐怖分裂势力，20世纪80年代，“东突”分裂组织纷纷出笼，20世纪90年代恶性膨胀，分裂机构名目繁多：“代表大会”、“统一联盟”、“信息中心”、“统一阵线”、“独立联盟”、“人权同盟”、“协会”，等等，前面不仅冠以“东突”、“维吾尔斯坦”帽子，有些还冠有“世界”、“美国”、“欧洲”、“英国”、“澳大利亚”等帽子。显然，分裂分子已经“不知道”他们的国籍了。
进入20世纪90年代以后，新疆分裂组织急剧增加，并且成立了具有分裂纲领的许多所谓政党。1990—1995年，被破获的分裂案件(包括其政党、组织、团伙的活动)共109起，涉案人员一千余人，说明这一时期分裂活动较为活跃。
2．分裂势力制造的恶性案件
(一)20世纪80年代分裂主义分子制造的主要案例
这一时期，分裂主义分子寻机闹事，他们往往利用日常生活中某些刑事案件以及党和政府实施的某些政策，煽动闹事。不仅煽动不明真相的群众，而且将黑手伸向大专院校乃至中、小学生，毒害青少年，妄图在实施民族区域自治的新疆掀起大浪，以实现其分裂目的。较典型的有以下案件：
(1)1981年1月13—16日，叶城一清真寺失火，分裂分子乘机煽动暴乱案。清真寺工匠取暖不慎失火，是一责任事故，闹事头目艾买尔·托乎提却煽动为公安干警有意纵火。暴徒及其不明真相的信徒顷刻汇集，冲击地方政权机构，党政部门、公安局、广播站等严重受损。机关干部、干警、执勤部队等共一百五十多人被殴打，多人受伤，闹事最狂热时，约有八百人。分裂骨干宣称“圣战”，叫嚣“伊斯兰共和国万岁”，可见，利用失火掀起分裂恶浪，是分裂势力制造此次暴乱的真实意图。暴乱持续到第4天，政府下令平息，驻军及干警将冲击政权机关仍在那里蛮横取闹的86名骨干收审，头目艾买尔·托乎提被抓获。
此次暴乱，阿·买合苏木大毛拉开办的高级经文学校培养的塔里甫，充当了急先锋，许多成为暴乱骨干、策划者和组织者。这说明暴乱是分裂分子挑动起来的。
(2)1981年5月26—27日，伽师县“东突”分裂分子抢劫武器案件。该年3月，分裂头目艾山·司马义策动并主持成立了分裂组织“东突厥斯坦燎原党”。艾山·司马义是回乡知青，头脑中的分裂毒素从何而来值得深思。他煽动对现实(主要是对升学、就业等)不满的青年，进行有计划、有组织、有目的的分裂活动。“东突厥斯坦燎原党”的目标，是建立“东突厥伊斯兰共和国”，实现所谓独立、自由。为了达到目的，决定以武装暴力抢劫武器。
抢劫武器前，他们作了充分准备，公安、武警等配置武器的部门，被其一一踩点侦查。5月24日，召集所谓“核心成员会议”，决定袭击守备比较薄弱，又有许多枪支弹药的县武装部民兵武器库房，夺得武器后，将围攻县城，夺取政权。26日夜晚，在头目带领下，一百五十余名成员参与行动，分三路到达距离县城7公里的预定地点，将库存武器抢劫一空。抢劫各类枪支152枝、子弹2．8万发，手榴弹78枚。暴徒们自以为已经武装起来了，遂向县城进发。
当时，有高度觉悟的维吾尔族妇女凯麦古丽，急速赶至县武装部，报告武器被抢劫，暴徒将袭击县城的信息，这位妇女是武器库房保管员阿木提江的妻子。暴徒涌至县城时，发现城内戒备森严，不敢轻举妄动，撤离至荒野沙枣林中。公安武警及部队及时出击，将其包围。经过耐心劝说，分裂队伍逐渐瓦解。27日下午5时，全部缴械投降，事态被平息。清查后，13人被起诉。“东突厥斯坦燎原党”约一百五十名所谓党员，绝大部分是青少年，有些还是正在上学的中小学生，这种状况非常令人担忧。
(3)80年代中后期，新疆大专院校的部分学生中出现了一些不正常现象，透过现象看本质，不得不将这些不正常现象与新疆分裂与反分裂斗争相联系。
1988年6月中旬，乌鲁木齐市少数学生上街游行闹事事件。位于乌鲁木齐的几所高等院校的数百名民族学生上街游行，起因是学校厕所里发现用汉文书写的侮辱少数民族的文字。侮辱少数民族必须查处，校方亦很重视，很快就将肇事者查获。学生以此事上街游行，要求平等、民主、自由，矛头指向汉族，情况就不正常了。此间，南北疆许多地方出现鼓吹独立的传单、标语、大小字报等，说明学生的活动与幕后的分裂势力有关。后查明，新疆大学的“大学生科学文化协会”具体策划和指挥了此次事件。