基督教又称“耶稣教”，是中国对基督教“新教”的专称。基督教是近代传人新疆的西方宗教之一。据《新疆图志·交涉志》记载：清光绪三十年(1904年)，“喀什瑞典耶稣教堂设于疏附县北关，男教士三人，女教士四人”。这是关于基督教传人新疆的最早的汉文记载。但据西方基督教会20世纪初的一项调查，在19世纪最后的二十年，瑞典行道会的传教士到达南疆地区，在那里同其他传教士一起传教近四分之一世纪。1892年，行道会进入喀什；以此为中心向外扩展。到1921年，在南疆地区已形成四个传教中心：喀什、叶城、疏勒和英吉沙，有传教士7人。这项调查还附列了新疆基督教的传教点和各传教点设立的时间：喀什，1892年；叶城，1895年；迪化，1908年；疏勒，1909年；英吉沙，1912年。以上各传教点，除迪化是内地会的传教点外，其余均为行道会建立的。

上述两种记载大体相同，由此可以确定。基督教传人新疆的时间是在19世纪末，首先由瑞典行道会传人南疆地区，继由内地会传人北疆地区。

1889年，英籍内地会传教士胡进洁来华。在内地活动几年后，于1905年前后来到乌鲁木齐，设福音堂于北大街(后移至库后巷)，吸收了16名男女加入基督教。胡为了传教方便，着汉人服装，并很快学会了维吾尔语。他的传教范围很广，除乌鲁木齐外，还去过南疆的库车、焉耆等地。胡不仅在汉族、维吾尔族中传教，也积极在蒙古等民族中发展信徒。盛世才时期，胡进洁被以英国间谍之名关进监狱，长达13个月之久，致使他曾一度精神错乱。胡在新疆的长期传教活动中，虽然也发展了包括维吾尔族在内的一些少数民族入教，但人数很少，发展缓慢。在胡进洁之后，相继又有马慕洁、马尔昌等外国传教士来新疆传教。这些早期来新疆的传教士除传教外，还在所到之地开办圣经训练学校、医院、孤儿院和学校等，以扩大基督教的影响，吸引人们人教。外国传教士在新疆的早期传教活动，虽然把基督教传播到了天山南北各地区，但信徒不多，影响不大。盛世才统治时期，取缔了一切教会，基督教的传教士或被捕入狱，或被迫离开新疆，教堂被改做他用，教产被没收，基督教受到传人以来的第一次沉重打击。

国民党统治时期，一批来自英、美等国的基督教传教士来到新疆。这些传教士于所到之处积极开展传教活动，发展信徒，建立教会。这一时期，进入新疆的基督教的传教差会，除原有的内地会、行道会外，还有长老会、圣公会、浸礼会、安息日会、信义会、卫理公会、美以美会、循道公会等。继外国教会之后，一些内地教会的传教士也开始来新疆传教。1948年，山东济南和潍县两地灵修院的传教士和信徒10余人来哈密传教。他们一方面积极在哈密传教，一方面派员前往巴里坤、吐鲁番、焉耆、阿克苏、吉木萨尔、喀什等地发展信徒。次年，他们在哈密新城修建了一座教堂，将其教会组织定名为“基督教西北灵工团”，下设布道、灵育、医药等7个部，并且创办了《西北灵工》和《灵工通讯》两个刊物，在新疆和内地发行。西北灵工团共发展信徒103人，成员主要是职员、军警、医生和职业教徒。