截止到元代,莫高窟的营建基本完成。经敦煌研究院的发掘清理,有绘画和雕塑的洞窟492个(其中包括重复编号1,清代所建2,部分洞窟的时代未能确定,而许多洞窟经历了历代多次重修)。此外,北区尚有200余个洞窟,为僧人生活、修行、安葬之用。合计735余窟。
明
明政府划嘉峪关为界,敦煌为边外荒凉之地。
莫高窟除第5窟有一条成化十五年(1479,其年置罕东左卫)的游人题记外,别无遗存。从正德十一年(1516)至康熙五十四年(1715),敦煌被信奉伊斯兰教的吐鲁番人占领,佛教不行,寺庙荒废。
清
清初莫高窟极为荒凉,雍正年间重修敦煌城时,监修官员汪瀧有诗记莫高窟的状况,云“问禅无释侣,稽首冷香烟。字落残碑在,丛深蔓草缠。”
随经济的恢复,当地佛教、佛寺复行。城内及四乡普遍修建寺庙,而规模不逮汉唐(较著名的有城内的密宗大佛寺和重修的莫高窟雷音寺等)。
清代对莫高窟做过修补,特别是清末。包括加修窟檐(现存九层楼即是)、重绘、重塑和塑像的局部修补。但内容混杂,技艺低劣,可以说只起了破坏作用。
当时敦煌地区文化水平很低,因此艺术上不可能有高水准的表现。而且,石窟艺术本为佛教艺术,在宗教世俗化、并被迷信所代替的的情况下,人已经不具备强烈的宗教感,也必然如此。
*近现代遭受的人为破坏:
*清同治年间,陕西回民白彦虎起义、青海回民马文禄起义,在河西合兵西进。于1871、1873年两攻敦煌,曾有长期相持。虽未破城,但因信仰不同,对莫高窟造成很大破坏。“佛龛半赴灰烬”。
*1920年11月,从苏联逃窜到新疆的白俄军队残部约900人,被新疆省政府遣送敦煌,安置在莫高窟居住,直至1921年8月。在此期间:(1)用木构建筑、匾额等在窟内生火,取暖作饭。毁了文物,也薰黑了不少壁画。(2)在壁画上肆意刻画、书写。(3)破坏造像——致使艺术品遭到严重破坏。
加上自然原因,如地震造成坍塌、流沙掩埋等等,四十年代初,可见的(有绘塑的)洞窟约在300个左右。(张大千编号计309)
四十、五十年代,(敦煌研究院的前身)敦煌艺术研究所、敦煌文物研究所,进行了清除积沙、安装洞门,维修遗存的唐宋窟檐等工作。
1963——66年,国家出资、组织人力对洞窟做了全面维修加固,莫高窟成为今天看到的样子。*在这次维护中,还发现了一些洞窟。