策妄阿拉布坦在位时发动了对西藏的远征，准噶尔部统治西藏达三年之久。这次远征的得手，西藏政教上层长期的内讧是重要原因。自从占据青藏地区的和硕特汗王固始汗死后，其子孙与西藏地方势力不和，藏内政局开始动荡。康熙四十四年（1705年），固始汗之孙拉藏汗杀藏王第巴桑结嘉措，废黜六世达赖仓洋嘉措，另立意希嘉措为六世达赖，更引起西藏僧俗界的不满。拉萨三大寺僧人暗中与策妄阿拉布坦联络，密谋借准噶尔部的力量推翻拉藏汗的统治。策妄阿拉布坦早以控制喇嘛教格鲁派圣地西藏为宿愿。与三大寺僧人的联系建立后，他表面上与拉藏汗联姻结好，暗中做远征西藏的准备工作。康熙五十五年（1716年）底，策妄阿拉布坦派勇将大策凌敦多布率精锐六千，自伊犁南下和阗，翻越人迹罕至的昆仑山­涉险冒瘴，昼伏夜行”。次年春，抵达藏北，击败驻军。拉藏汗毫无准备，和硕特军节节败退。康熙五十六年（1717年）秋，在拉萨三大寺僧人的支持引导下，准噶尔军攻入拉萨，杀死拉藏汗，占据了西藏。