李渊也曾派李孝恭攻打过萧铣，但大举进攻则是在武德四年，平定王窦等人之后。当时萧铣以为江水正是上涨的时候，所以放松了警惕，没想到李孝恭和李靖会率二千战舰来攻打自己。如果说放松警惕仓促应战就已经够糟糕的了，那么更要命的是，此前他”罢兵营农”，身边才留宿卫数千人，一下子集不齐人马，狼狈之极。最后萧铣只好困守在江陵，等待救兵来援。但是到底没有那个耐心等到人马来齐了，于是萧铣对大臣们说了一番话，什么”岂以我一人致伤百姓”，想起了刘璋；还有”诸人失我，何患无君”，想起了孙权–不过，孙权正是因为别人都可以降而自己不能降下定了与曹操在赤壁作战的决心，萧铣却以此来安慰他的大臣，不知是该说他仁道呢，还是说他无能……总之，和大臣们痛哭了一场之后，萧铣开城投降了。但押解到长安之后，李渊的词典里可没有”宽大处理”这一条，虽然萧铣说的”隋失其鹿，英雄竞逐，铣无天命，故至于此。亦犹田横南面，非负汉朝”十分有理，但仍然被杀掉了。
其实萧铣本可以大打一仗的，只因为策略不当，都城位置又太靠前，怎么看都有点可惜。只是他还不够坚强，如果他能像王世充那样都不会一个月就灭亡。李渊杀萧铣的时候，也许想到，如果他败在了别人的手里，他也一样会有一个悲惨的下场，因此下手格外的狠，根本不给别人翻盘的机会。我们今天看好像觉得的确太狠了，而且有时的杀降没有必要，但焉知不是李渊潜意识中害怕自己将来也会有如此下场的一种恐惧？
刘黑闼
从时间上说，刘黑闼不是最后被消灭的，但刘黑闼却可以算是李唐立国最后一个障碍。此后的辅公祐、梁师都等人都只是大唐平定天下的余波，但这个真正的余波反倒更有危胁。说刘黑闼是”余波”，是因为他并非在隋末起兵成为反王，而是在窦建德失败后其余部共同叛乱推举了他作首领。
隋末刘黑闼辗转了几次，终于在被李世勣生擒之后，作为俘虏献给了窦建德。由于过去是朋友，窦建德立即任用他为将军。窦建德失败之后，刘黑闼像其他没被杀掉的人一样，解甲归田了。
然而打败王、窦之后，唐军乃至唐廷的政策都比较怪。一般情况下李世民并不杀很多人，然而攻下洛阳之后，他却杀了一批洛阳的将军，如段达、杨公卿、朱粲、单雄信……其中朱粲是吃人魔王天怒人怨实在该杀（朱粲死后，很多积怨甚久的百姓向他的尸体抛掷砖瓦，按书上的话就是”须臾若冢”，可见杀他实在是大快人心），而单雄信按说一向不计前嫌的李世民也不会计较，若是解释为怕他反覆无常倒也还过的去，但是其他人就没有必杀的理由了。或许是李渊的密令？此前李渊也曾对宇文士及有过”归语尔王：今取洛阳，止欲息兵。克城之日，乘舆法物，图籍器械，非私家所须者，委汝收之。其馀子女玉帛，并以分赐将士”的口头诏令，但这里是只是提了物品图籍和子女玉帛的分配方式，并未涉及到战后俘虏的问题，应当是另有分付吧。否则以李世民一向的作风，实难理解为什么要非杀不可，但这倒是很符合李渊的风格。李世民将王、窦等人献俘之后，李渊又下令要窦建德的将军们到长安来，这便惊动了他们，使窦的旧部以为李渊要大举清洗–事实上只怕也真是如此。李渊这样做自有他的考虑，如果他们真的来的话，那么自然不费吹灰之力就可以杀掉了；如果不来的话，那必然会谋反，这样就可以用正大光明的理由派军剿灭。总之，无论怎么个杀法，都无疑会达到斩草除根的目的。唐初河北（河北不是今天我们说的河北省，而是比河北省要大的多的地区，就好比王维《九月九日忆山东兄弟》的兄弟们并不是在山东省一样）一直是李唐不大控制的来的地区，这一方面和家族之类的有关（后来唐修族谱，便要刻意降低山东士族的身份，而提高关陇贵族的地位），另一方面，也和窦建德实在太得人心有关，直至后来河北都有人祭祀窦建德。因此如果能借机将窦的余部一网打尽无疑是最让李渊省心的方法了。
既然如此，那么窦的余部就不客气的选择了后者。刘黑闼也是在这种情况，担任了起兵的首领。说来这也和占卜有关，隋末不是流行了好一阵李氏将兴吗，窦的旧部占卜时占出来应立刘姓之人，所以想到了刘黑闼。刘黑闼一听说要起兵为窦建德报仇，十分高兴，杀掉了耗牛和大家一起大饱餐了一顿。刚开始时只有百余人，竟然袭破了一个县，可见这支队伍从一开始就不同凡响。此后又渐渐发展，人数也越来越多，唐的几个刺史都不是刘黑闼的对手。
那么朝廷此时就要插手了，李渊派李神通去平定。李神通曾经败在窦建德的手中，李渊这次让他去平定刘黑闼很可能是想给他一次复仇挣回面子的机会，要说李渊对自己的宗室真不是一般的好，可惜李神通实在有点不争气，但也不能全怪他，因为刘黑闼实在是难对付。那么可想而知，李神通又被打的大败，而且是和李艺一起败的。李艺此前对付窦建德还是有一套的，但刘黑闼就对付不过来了。打到宗城的时候，刘黑闼碰到了一个”老朋友”，李世勣。当初就是李世勣把刘黑闼送到了窦建德那里。上一次是李世勣获胜，而这一次却是他的惨败：步卒五千人，皆殁于阵，世勣与武通仅以身免（很是奇怪，那时好像很多全军覆没的战斗，主帅却能仅以身免）。李世勣一定十分后悔，当初怎么就没杀了他呢？
刘黑闼的起兵使李渊终于认识到了河北实力的雄厚，并不是一个李神通就能应付的。这时李世民请战，恐怕他不请战李渊也得派他去了。总之，是李世民大军一到，就挫败了刘黑闼的几次进攻–注意，也只是挫败而已。这使得两人都必须重新估量一下对手，李世民还好说，看刘黑闼一上来几次挑战，显然是低估了李世民。