截止到元代，莫高窟的营建基本完成。经敦煌研究院的发掘清理，有绘画和雕塑的洞窟492个（其中包括重复编号1，清代所建2，部分洞窟的时代未能确定，而许多洞窟经历了历代多次重修）。此外，北区尚有200余个洞窟，为僧人生活、修行、安葬之用。合计735余窟。

明

明政府划嘉峪关为界，敦煌为边外荒凉之地。

莫高窟除第5窟有一条成化十五年（1479，其年置罕东左卫）的游人题记外，别无遗存。从正德十一年（1516）至康熙五十四年（1715），敦煌被信奉伊斯兰教的吐鲁番人占领，佛教不行，寺庙荒废。

清

清初莫高窟极为荒凉，雍正年间重修敦煌城时，监修官员汪瀧有诗记莫高窟的状况，云“问禅无释侣，稽首冷香烟。字落残碑在，丛深蔓草缠。”

随经济的恢复，当地佛教、佛寺复行。城内及四乡普遍修建寺庙，而规模不逮汉唐（较著名的有城内的密宗大佛寺和重修的莫高窟雷音寺等）。

清代对莫高窟做过修补，特别是清末。包括加修窟檐（现存九层楼即是）、重绘、重塑和塑像的局部修补。但内容混杂，技艺低劣，可以说只起了破坏作用。

当时敦煌地区文化水平很低，因此艺术上不可能有高水准的表现。而且，石窟艺术本为佛教艺术，在宗教世俗化、并被迷信所代替的的情况下，人已经不具备强烈的宗教感，也必然如此。

*近现代遭受的人为破坏：

*清同治年间，陕西回民白彦虎起义、青海回民马文禄起义，在河西合兵西进。于1871、1873年两攻敦煌，曾有长期相持。虽未破城，但因信仰不同，对莫高窟造成很大破坏。“佛龛半赴灰烬”。

*1920年11月，从苏联逃窜到新疆的白俄军队残部约900人，被新疆省政府遣送敦煌，安置在莫高窟居住，直至1921年8月。在此期间：（1）用木构建筑、匾额等在窟内生火，取暖作饭。毁了文物，也薰黑了不少壁画。（2）在壁画上肆意刻画、书写。（3）破坏造像——致使艺术品遭到严重破坏。

加上自然原因，如地震造成坍塌、流沙掩埋等等，四十年代初，可见的（有绘塑的）洞窟约在300个左右。（张大千编号计309）

四十、五十年代，（敦煌研究院的前身）敦煌艺术研究所、敦煌文物研究所，进行了清除积沙、安装洞门，维修遗存的唐宋窟檐等工作。

1963——66年，国家出资、组织人力对洞窟做了全面维修加固，莫高窟成为今天看到的样子。*在这次维护中，还发现了一些洞窟。