西夏：
西夏大庆元年（1036）——宝义二年（1226）
*蒙古军队占领

蒙古、元：成吉思汗二十二年（1227）——至正二十八年
*元朝灭亡，非明军收复

十六国时期

由于崖面有限，许多洞窟曾经历代翻建，加上长期以来自然、人为因素造成的倾塌、毁损，莫高窟初创时期的洞窟已无法寻觅。

乐僔、法良所开凿的洞窟固然无从考证，那个时期开窟的数量、规模也没有确切记载。根据敦煌研究院的考订，现存洞窟中：267、268、269、270、271、272、275七窟，是十六国晚期，北凉时期开凿的。

（实为三窟：267、269、270、271四窟为268窟内的禅室）

南北朝

存留下来的，北魏有十窟，西魏有十一窟、北周有十六窟。

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北魏时期，河西佛教发展有一些波折。从河西向东移民，“沙门佛事俱东”，影响最大的是凉州；太平真君七年（446），太武帝在长安灭佛，屠杀沙门，焚经毁像；西域柔然势力强大时，敦煌镇一度岌岌可危。这些都对莫高窟的发展有一定的影响，但孝文帝迁都洛阳后，北方的佛教重新兴盛起来，莫高窟也留下不少遗迹。

东阳王元荣任瓜州刺史时，因崇信佛教，在敦煌主持抄写过很多佛经，当时凡洞窟的兴建都直接或间接地与他有关。

莫高窟现存最早的、有确切建窟年代的，是西魏时期的285窟，有大统四年、五年（538、539）题记。而且画风新颖，技法高超。有可能是元荣（出资、组织人力）修建的。

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北周时期，交通畅达，敦煌又一直是宇文王朝的边陲重镇，虽然北周武帝也有过灭佛的举动，但一来并不彻底，二来时间短、禁令随北周武帝去世而失效。所以虽曾波及敦煌，但对莫高窟的镌龛造像似未发生影响。

即如《莫高窟记》所谓“建平、东阳弘其迹”。建平公于义奉佛不下于元荣，北周开凿的428窟是早期洞窟当中规模最大的，供养人像达1200余身。东壁窟门南侧第二身供养人题名为“晋昌郡沙门比丘庆仙供养”，遗书S2935亦有庆仙题记，时间为569年，则其在敦煌的活动时间与于义任职时间大体相仿。因而有人推测，428窟就是于义所开的“一大窟”（其第一身供养人及题名已漫漶，不可知）。

隋

隋代是莫高窟的一个重要的兴盛期。

隋文帝生长在佛寺，大力弘扬佛教。开国当年就普诏天下：听任出家，不加限制；计口出资，营造佛像。仁寿二年（601），诏令天下各州建舍利塔，并分送舍利到30个州。其中有瓜州崇教寺，即莫高窟。

隋炀帝也曾派使者到敦煌建讲堂，在崇教寺修舍利塔。

隋朝虽然只有短短三十几年，莫高窟有隋代遗迹的洞窟上百个，其中新建九十四个。

隋代前期洞窟的风格，如窟形、内容布局、人物造型、色彩及装饰纹样的运用，都与北周接近。但隋统一后，文化艺术出现新的演变，反映在莫高窟，就是后期、即隋代极盛时期的作品，有明显的内地新的艺术风格和技法的影响。