经过这样的教育，伊斯兰教徒才渐能用汉语来说明教史教义，也渐有向外人阐扬其教之能力及需求。这就是晚明清初一大批汉文伊斯兰论典出现的原因。

这批论典包捂王岱舆《正教真诠》《清真大学》，马注《清真指南》，刘智《天方性理》《天方三字经》等等，其特点为娴熟地运用儒家宋明理学去阐释回教义理，例如把人分为上中下三品，谓人有真性有禀性，真性纯善，禀性则恶，故应採类似宋儒所谓存天理、去人欲，变化气质之法，回归真性。也须遵守忠孝信义三纲五常。其书大量採用儒学中心、性、理、气、太极、本体等术语与观念，略做调整以言其教义，其义理之精熟，殊不在同时儒门大师之下。

但志在传教必然就会有竞争的关系。此时伊斯兰教的策略，乃是依附主流社会及价值，即靠近儒家，然后批判佛老，以区隔巿场，争取认同。

这与从前颇有不同。考《骨董三记》中有〈郑和印造大藏经〉一条，说明初刊本《优婆塞戒经》卷七存一木刻题记云：「大明国奉佛信官内官监大监郑和，法名速南咤释，即福吉祥，切念生逢盛世，幸遇明时，前往西洋等处公干，率领官军宝船，经由海洋，託赖佛天护持，往迴有庆，经置无虞，常怀报答之心，于是施财，陆续印造大藏尊经，捨入名山，流通诵读，仓愿皇图永久，帝道遐昌。凡奉命于四方，常叩恩于庇佑，次冀身安心乐，福广寿长。忏除曩却之戚，永享现生之福，出入起居，吉祥如意。四恩等报，三有齐资，法界群生，同成善果，今开陆续成造大藏尊经。计一十藏：大明宣德四年，岁次己酉，三月十一日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨牛首山佛窟禅寺流通供养。大明宣德五年，岁次庚戌，三月十一日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨鸡鸣禅寺流通供养。大明宣德五年，岁次庚戌，三月十一日，发心印照大藏尊经一藏，奉施喜捨北京皇后寺流通供养。大明永乐二十二年，岁次甲辰，十月十一日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨静海禅寺流通供养。大明永乐十八年，岁次庚子，五月吉日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨镇江金山禅寺流通供养。大明永乐十三年，岁次乙未，三月十一日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨福建南山三峯塔寺流通供养。大明永乐九年，岁次辛卯仲冬吉日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨天界禅寺毘卢阁流通供养。大明永乐八年，岁次庚寅，三月十一日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨云南五华寺流通供养。大明永乐五年，岁次丁亥，三月十一日，发心印造大藏尊经一藏，奉施喜捨灵谷禅寺流通供养。」

此事为历来考佛经印藏者所不及知，故备录其文。依文考之，知郑和固然是伊斯兰教教徒，但面对公众时，仍不免需要依附于佛教，自称信众、印刊佛经。

晚明清初，伊斯兰教就不如此了。王岱舆马注，都以正面批判佛教来争取信从。其与佛教徒之争辩，另详我〈饮食文明的宗教伦理冲突〉一文，此不赘。

当然，在批判之同时，他们也必须先对佛道教中之教义有些理解；一些语彙如无常、本体、斋戒……等也被他们所吸收了。故经过这一段儒回沟通，及与佛道争衡的历程，实在很有希望能为中国伊斯兰开一新纪元，让伊斯兰文化为整体中华文化的大生命注入了一股新力量。可惜，可惜清初与回部准部的战争，打乱了这个步伐。清朝以统治者的角度来看待回民，老是担心它叛乱，故政策上採取隔离、鄙视、压抑之态度，不但上谕公然说该教「一无是处」，君臣公文书上甚且用「」来指称回民。在管理上则透过乡约，予以压制，以至咸丰同治以后各地回变不断。伊斯兰教不再试图向外扩广、不再试图让汉人理解、不再努力融合儒家，而再度保守封闭起来，甚至试图与汉人隔离、独立。

到晚清民国，举国艰困，戮力改革。伊斯兰教也才出现新的发展，一九二０年上海有了清真女学，1935年北京也开办新月女学，1936年上海伊斯兰妇女会则出版了妇女杂志，中国伊斯兰也逐渐与整体伊斯兰世界有了更多的互动。

综观其流传史，有几点值得留意，一是传播先中原后西北，二为先海路后陆路，三为政教不合一。在中国，与伊斯兰教在其他地区往往建立政权者不同，与佛教道教往往涉及民间反乱、建立政权者也不同。即使是清朝的回变，也无建立政权的企图。民国以后，新疆的「东土耳其斯坦」独立运动，系受国际政治影响，另当别论。除此之外，可说中国伊斯兰的特色之一，就是政教不合一。四是长期不外传，也与伊斯兰教在其他地区很不相同。第五，伊斯兰教在中国发展时间那么长，布教地区那么广，但基本上并无自创之教派也可算是一个特点。