叶尔羌汗国是维吾尔民族发展史上的一个重要时期，叶尔羌汗国世系

叶尔羌汗国（公元1514–1680年）

1.赛义德 1514–1533

⒉拉失德1533–1559

⒊阿不都克里木 1559–1591 （一译阿不都哈林汗）

⒋马黑麻1591–1609

⒌阿黑麻 1609–1618

⒍沙拉夫.丁.速檀 1614–1615

⒎忽来失速檀 1619（只在位9天）

⒏阿不都.拉提甫 1619–1630

⒐速檀阿黑麻 1630–1632

⒑速檀马合木 1632–1635

⒒速檀阿黑麻（复位） 1635–1639

⒓阿布都拉哈 1638–1667

⒔尤勒巴尔斯 1667–1670

⒕阿不都.拉提夫 1670

⒖伊斯玛业勒 1670–1680

叶尔羌汗国在吐鲁番的统治者

⒈马黑麻1571–1574

⒉马黑麻阿力卜把都儿1575–1579

⒊阿卜纳西儿呵里麻 1579–？

⒋马黑麻虎答遍迭 1583–1594

⒌阿都剌因 1595–1634 （先为吐鲁番总督，后成为叶尔羌汗国东部可汗）

6.阿不伦.穆罕默德 1634–1653

7.巴拜.伊卜喇伊木 1653–1678 （为哈密、吐鲁番的统治者）

叶尔羌汗国之傀儡统治者

⒈阿卜都.里什特 1678–1681

⒉马哈麻特.额敏 1681–1692

⒊雅雅和卓 1692？–1694？

⒋马哈麻特.木明 1694–？

⒌速檀马合木 1694–？

⒍米尔咱.阿来木.沙伯克 ？