元代，曾经辉煌的女真族已由过去的统治民族降到被统治地位。女真和北方汉族、契丹人一样，同被列为三等巨民，统称汉人（可见汉化之深），被迫接受元统治者的严密控制。

元代对女真区域的行政划分：在东北女真族聚居区元代首先设立开元、南京二个万户府，之后义陆续设桃温、胡里改、脱斡怜、斡朵怜、学苦江等万户府，“抚镇北边”，由蒙古人任达鲁花动祥丝行统治、监视。至元初年，又增设了开元、愉品、合懒等路宣抚司。后来，从开元路分化出水达达路，女真以及乌苏里江、黑龙江中下游的其他少数民族统由辽阳行中书省辖下的开元路、水达达路管辖。世祖中期，元政府又在东北增设海西、辽东道提刑按察司、巡防捕盗所等。其职能是“按治女直、水达达部”，以进一步加强对女真等族人民的统治。在蒙古统治东北的最初几十年，女真人和汉、契丹等族人民一样，不许扶弓矢，甚至狩猎等生产活动也受到限制，以防他们起来反抗。直到至元二十四年(1287年)，由于元在东北的统治已趋稳定，加之需要女真等族人民贡纳更多的珍贵毛皮，才“弛女直、水达达弓矢之禁”。

元代女真人的生活方式：元代聚居在“女直”地区的女真族人民，大多数仍继续从事农业生产。这从《元史》有关这一地区因自然灾害“伤稼”，以及元统治不得不减免一些租赋等记载中可以得到证实。水达达地区的居民，多数过着“逐水草为居，以射猎为业”的渔猎生活。不过，其中的女真人也有不少兼营农业的。比如，世祖时因“开元等路饥”，“水达达户减青鼠二，其租税被灾者免征”。这些免征租税者，显然是半农业户。此外，女真人中还有部分采金、采炼朱砂、水银等手工业户，以及专为驿站服务的站户，等等。

元统治者对女真人民的剥削、压迫是相当沉重的：从事农耕的女真族，和整个北方被统治人民一样，要负担很重的地税、科差等赋税、除交纳粮食，布匹等实物税外，也要交丝银、体钞等。还有一部分女真人被元统治者编制起来进行屯田。例如，世祖平定乃颜叛乱后，下令将“水达达，女直民户由反地驱出者，押回本地，分置万夫、千夫、百夫内屯田”。浦峪路屯田万户府，肇州屯田万户府内，也有一大批女真人。他们所受剥削压迫更重，而且更无自由。对水达达地区，即“唐所谓羁糜之州”，元统治者也“皆赋税之，比于内地”。从事渔猎的女真等族人民，要定期向统治者交纳一定数量的貂鼠、水獭、海豹等毛皮，定期贡纳海东青。

元代女真人的反抗：女真人民的摇役、兵役负担也极为繁重。元世祖时曾连续对骨嵬岛(今库页岛)用兵，又两次大规模出征日本，遭到失败后还积极准备第三次出征。为此，多次征发东北女真等族人民从事各种工役。其中，伐木造船之工役最重。有时一次就要造数百艘船，因此征发的人数多，这势必给人民带来很大灾难。平时，女真人民也要承担采珠、转运等各种杂役。沦为站户的女真等族人民生活更苦，常常被逼得鬻卖妻子以应重役。元统治又不断在女真族中征兵。如中统四年，在“女直、水达达及乞列宾地签军三千人”；至元四年，“签女直、水达达军三千人”；至元八年“签女直、水达达军”等等。这些被征者编为女直军，有的屯戍于东北各地，有的参加出征，也有的被选派到大都、上都、和林等地充任侍卫军。平时，女直军有的要从事屯田，有的则隶民籍负担沉重的租赋和摇役。

由于元统治者的剥削压迫不断加重，东北女真人民的生活很悲惨，常常面临饥饿的威胁。所以，女真人民和元统治者间的矛盾一直很尖锐。1287年诸王乃颜叛乱时，“女直、水达达官民与乃颜连结”。乃颜被擒杀后，还有不少女真人继续在乃颜余党队伍内活动，直到1293年，女直地区尚未安定。这些参与乃颜叛乱的女真人，有的可能是被裹胁参加，有的则是抱着乘机反抗元统治的目的参加的。乃颜及其党羽被平定后，这些女真人有的被押送回原地，受到更加严密的控制，有的被编为专业渔户，还有一批被强行发配到南方，在扬州等地屯田。元末农民大起义爆发之前，东北也和内地一样，小规模农民起义经常发生，其中有些就是女真族人民起义。如至正八年(1348年)，女真人锁火奴自称大金子孙于辽东起兵反元；不久，兀颜拨鲁欢也称大金子孙“作乱”。在此前后，由于捕海东青的烦扰，吾者野人和水达达居民也相继起来反抗。这些起义虽然很快被镇压了下去，却配合元末大起义军给了元统治者沉重打击。在明末，女真再次兴起，闪亮登场，摇身一变，满州大清。